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Suppression de caractères et suppression de lignes vides avec SED / Perl

Je veux supprimer tous les ‘N’ des données qui ressemblent à ceci: 

>Seq1 NNNNNNNNA NNNNNNNNN ATCGGGGGG NNNNNNNNN GTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA NNNNNNNNN

Alors qu’il retourne: 

 >Seq1 AATCGGGGGGGTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA

Mais pourquoi cela ne le fait pas: 

 sed -e 's/N//g'

Quelle est la bonne façon d’aborder cela?

Voici ma solution Perl: 

 perl -pe 'if (!/^>/) { tr/N\n//d } elsif ($. > 1) { $_ = "\n$_" }' input-file

Utilisation: 

 sed ':a;N;$!ba;s/[N\n]//g'

[N \ n] correspond aux N ou aux nouvelles lignes. Le rest est tiré de cette question sur StackOverflow .

Cela pourrait fonctionner pour vous: 

 sed '/>Seq/{:a;x;s/N//g;s/\n//2gp;g;x;d};H;$ba;d' file >Seq1 AATCGGGGGGGTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA

ou ca: 

 sed ':a;$!{N;ba};s/[N\n]//g;s/>Seq[0-9]*/\n&\n/g;s/.//' file >Seq1 AATCGGGGGGGTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA

Simple awk devrait faire l’affaire –

awk '!/^N+/' filename

Tester: 

 [jaypal:~/Temp] cat temp >Seq1 NNNNNNNNA NNNNNNNNN ATCGGGGGG NNNNNNNNN GTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA NNNNNNNNN [jaypal:~/Temp] awk '!/^N+/' temp >Seq1 ATCGGGGGG GTCGGGGGG >Seq2 GATAAAAAA

vous devez ‘\ n’ correspondre aux caractères de la nouvelle ligne: 

 sed -e 's/[N\n]//g'

si cela ne fait pas ce que vous voulez, s’il vous plaît, montrez-nous ce qu’il fait et expliquez ce qui est différent de ce que vous voulez