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  3. erreur de complication en ligne de commande
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erreur de complication en ligne de commande

Se heurtant à des problèmes avec un seul paquebot …. 

ls *.fq.gz | cut -f 1 -d . | uniq | perl -pe 'chomp; system "bwa-0.7.9a mem -M /refs/GATK_bundle_2.3//human_g1k_v37.fasta -R'@RG\tID:Foo\tSM:bar' $_.1.fq.gz $_.2.fq.gz > $_.sam"'

La sortie est 

 [E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG CLMP10920-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG CLMP10920-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG CLMP10920-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG CLMP10920-4W[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG COL1A110908-1[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG COL1A110908-2[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG COL1A110908-3[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG COL1A110908-4Wgleadalln@mgcl01:~/testing/analysis$

Faites un peu de lecture, mais vous avez du mal à trouver une solution pour exécuter cette commande – pensez que cela a quelque chose à voir avec l’option nestede dans l’option -R de la commande.

Perl n’a pas de fonction sys . Vouliez-vous dire système ?

De plus, le surligneur de syntaxe est correct pour les citations. Le guillemet dans R'@RG termine la première chaîne entre guillemets, ce qui ne semble pas correct.