Comment rechercher des lignes à l’aide de modèles dans un fichier sous UNIX

J’essaie d’utiliser un fichier .txt avec environ 5000 modèles (espacés avec une ligne) pour rechercher dans un autre fichier de 18000 lignes pour toutes les correspondances. Jusqu’à présent, j’ai essayé toutes les formes de grep et de awk que je peux trouver sur Internet et cela ne fonctionne toujours pas, alors je suis complètement déconcerté.

Voici un texte de chaque fichier.

Pattern.txt

rs2622590 rs925489 rs2798334 rs6801957 rs6801957 rs13137008 rs3807989 rs10850409 rs2798269 rs549182 

Il n’y a pas d’espace supplémentaire ou quoi que ce soit.

• remplacer une sous-chaîne en utilisant un script shell
• Quelles sont les raisons possibles pour lesquelles awk a échoué dans le scénario suivant?
• Unix Unix pour append un en-tête dans un script awk résultant en un en-tête sur chaque autre ligne
• Récupérer des exceptions à partir de journaux avec stacktrace
• Rechercher un fichier journal pour le nombre total d’ips uniques

Fichier.txt

 snpid hg18chr bp a1 a2 zscore pval CEUmaf rs3131972 1 742584 AG 0.289 0.7726 . rs3131969 1 744045 AG 0.393 0.6946 . rs3131967 1 744197 TC 0.443 0.658 . rs1048488 1 750775 TC -0.289 0.7726 . rs12562034 1 758311 AG -1.552 0.1207 0.09167 rs4040617 1 769185 AG -0.414 0.6786 0.875 rs4970383 1 828418 AC 0.214 0.8303 . rs4475691 1 836671 TC -0.604 0.5461 . rs1806509 1 843817 AC -0.262 0.7933 . 

Le fichier.txt a été téléchargé directement depuis un répertoire med.

Je suis plutôt nouveau sur UNIX, donc toute aide serait incroyable!

Désolé edit: J’ai définitivement essayé toutes les choses que vous recommandiez et le résultat est vide. Est-ce que je manque peut-être un problème de syntaxe ou quelque chose dans mes fichiers texte?

PPS Je sais qu’il y a des correspondances car faire des travaux de greps individuels. Je vais déplacer cette question à unix.stackexchange. Merci pour vos réponses les gars je vais les essayer tous.

Problème résolu: J’utilisais évidemment des chariots DOS. Je n’en savais rien avant alors merci à tous ceux qui ont répondu. Pour les futurs utilisateurs qui rencontrent ce problème, voici la solution qui a fonctionné:

dos2unix *

awk ‘NR == FNR {p [$ 0]; next} $ 1 dans p’ Patterns.txt File.txt> Output.txt

• linux: comment est-ce que je peux réaliser des statistiques similaires à awk sur la saisie de texte?
• Unix awk que fait f = 1
• En utilisant awk, comment puis-je enregistrer des enregistrements dans un autre fichier si la condition ci-dessous ne correspond pas?
• remplacement de chaîne dans unix
• Utilisation de Sed pour lire les 6 dernières lignes d’un répertoire

 awk 'NR==FNR{p[$0];next} $1 in p' Patterns.txt File.txt 

 grep -Fw -f Pattern.txt File.txt 

 #!/bin/bash FILENAME=$1 awk '{kount++;print $0}' $FILENAME | fgrep -f - PATTERNFILE.txt