“Segfault pris” lors de l’installation de rgdal pour le package tmap R

Mon objective est d’installer le paquet tmap R à partir de CRAN. J’ai suivi cette procédure d’installation avant d’installer le package tmap :

https://github.com/mtennekes/tmap/blob/master/ubuntu_installation.sh

Après install.packages("tmap") je reçois un message d’erreur identifiant le problème avec le paquet rgdal .

En appelant install.packages("rgdal") , j’ai reçu les informations suivantes:

• Lancer un exécutable Windows dans R en utilisant wine dans Ubuntu
• R ESS Tracer sur Ubuntu – Comment activer l’historique de traçage (ou contourner)
• Installer R et RStudio dans Xubuntu 16.04
• La session Rstudio se bloque lors de l’édition du fichier
• R – installer rJava sur RStudio – Amazon Cloud

Début du message d’erreur Traceback:

 installing to /home/larnsce/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rgdal/libs ** R ** data ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded *** caught segfault *** address 0x1e, cause 'memory not mapped' 

Message d’erreur de fin de trace:

 22: tools:::.test_load_package("rgdal", "/home/larnsce/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4") An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... Segmentation fault ERROR: loading failed * removing '/home/larnsce/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rgdal' 

Ma sessionInfo() :

 R version 3.4.2 (2017-09-28) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 17.04 Masortingx products: default BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.7.0 LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.7.0 locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=de_CH.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=de_CH.UTF-8 [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=de_CH.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=de_CH.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] bindrcpp_0.2 ggalt_0.4.0 mapdata_2.2-6 maps_3.2.0 sp_1.2-5 ggmap_2.6.1 dplyr_0.7.4 [8] purrr_0.2.3 readr_1.1.1 tidyr_0.7.1 tibble_1.3.4 ggplot2_2.2.1.9000 tidyverse_1.1.1 loaded via a namespace (and not attached): [1] reshape2_1.4.2 haven_1.1.0 lattice_0.20-35 colorspace_1.3-2 yaml_2.1.14 rlang_0.1.2 foreign_0.8-69 [8] glue_1.1.1 RColorBrewer_1.1-2 modelr_0.1.1 readxl_1.0.0 jpeg_0.1-8 bindr_0.1 plyr_1.8.4 [15] ssortingngr_1.2.0 munsell_0.4.3 gtable_0.2.0 cellranger_1.1.0 rvest_0.3.2 RgoogleMaps_1.4.1 mapproj_1.2-5 [22] psych_1.7.5 labeling_0.3 knitr_1.17 forcats_0.2.0 extrafont_0.17 parallel_3.4.2 Rttf2pt1_1.3.4 [29] broom_0.4.2 proto_1.0.0 Rcpp_0.12.13 KernSmooth_2.23-15 geosphere_1.5-5 scales_0.5.0.9000 jsonlite_1.5 [36] proj4_1.0-8 mnormt_1.5-5 digest_0.6.12 rjson_0.2.15 hms_0.3 png_0.1-7 ssortingngi_1.1.5 [43] ash_1.0-15 grid_3.4.2 tools_3.4.2 magrittr_1.5 lazyeval_0.2.0 extrafontdb_1.0 pkgconfig_2.0.1 [50] MASS_7.3-47 xml2_1.1.1 lubridate_1.6.0 assertthat_0.2.0 httr_1.2.1 R6_2.2.2 nlme_3.1-131 [57] comstackr_3.4.2 

L’installation de rgdal partir de la source donne le message de rgdal suivant:

  *** caught segfault *** address 0x7fe075206833, cause 'invalid permissions' 

Cela pourrait être pertinent:

 ./configure: line 2112: 21315 Aborted ./proj_conf_test2 checking PROJ.4: epsg found and readable... yes ./configure: line 2187: 21324 Aborted ./proj_conf_test3 checking PROJ.4: conus found and readable... yes 

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Ceci est également publié en tant que problème sur GitHub

https://github.com/mtennekes/tmap/issues/150

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